โลกที่เราเห็นอยู่ทุกวัน ความจริงแล้วล้วนเป็นภาพลวงตาที่ถูกสร้างขึ้นจากคอมพิวเตอร์ นีโอ แฮ็คเกอร์มือหนึ่งถูกปลุกขึ้นมาสู่โลกแห่งความจริงจากมอร์เฟียสและได้มอบภารกิจเพื่อปลดแอกเผ่าพันธุ์มนุษย์แก่เขาที่โรงแรมร้างในเมืองใหญ่ผู้หญิงคนหนึ่ง (เปิดเผยภายหลังว่าเป็นทรินิตี้) ถูกตำรวจต้อนจนมุม แต่เอาชนะพวกเขาได้ด้วยความสามารถเหนือมนุษย์ เธอหลบหนีการไล่ตามของตำรวจและกลุ่มตัวแทนลึกลับที่มีความสามารถในการแสดงเหนือมนุษย์ที่คล้ายคลึงกัน เธอรับโทรศัพท์สาธารณะที่ดังขึ้นและหายไปชั่วขณะก่อนที่เจ้าหน้าที่จะชนรถบรรทุกเข้าไปในบูธ โทมัสแอนเดอร์สันนักเขียนโปรแกรมคอมพิวเตอร์ซึ่งเป็นที่รู้จักในแวดวงการแฮ็กโดยใช้นามแฝงว่านีโอรู้สึกว่ามีบางอย่างผิดปกติกับโลกและงงงวยกับการเผชิญหน้าทางออนไลน์ซ้ำแล้วซ้ำเล่าด้วยวลี “เดอะเมทริกซ์” ทรินิตี้ติดต่อเขาและบอกเขาว่าชายคนหนึ่งชื่อมอร์เฟียสมีคำตอบที่เขาแสวงหา ทีมตัวแทนและตำรวจนำโดย Agent Smith มาถึงที่ทำงานของนีโอเพื่อค้นหาเขา แม้จะมีความพยายามของ Morpheus ที่จะนำทาง Neo ไปสู่ความปลอดภัยทางโทรศัพท์ แต่ Neo ก็ถูกจับและถูกบีบบังคับให้ช่วยเจ้าหน้าที่ค้นหา Morpheus ซึ่งพวกเขาถือว่าเป็น “ผู้ก่อการร้ายที่รู้จัก” ไม่มีใครขัดขวางนีโอได้พบกับมอร์เฟียสซึ่งเสนอทางเลือกให้เขาระหว่างยาสองเม็ด สีแดงเพื่อเปิดเผยความจริงเกี่ยวกับเมทริกซ์และสีน้ำเงินเพื่อให้เขากลับไปสู่ชีวิตเดิมของเขา หลังจากนีโอกลืนเม็ดยาสีแดงเข้าไปความจริงของเขาก็แตกสลายและเขาก็ตื่นขึ้นมาในฝักที่เต็มไปด้วยของเหลวท่ามกลางคนอื่น ๆ อีกนับไม่ถ้วนที่ติดอยู่กับระบบไฟฟ้าที่ซับซ้อน เขาถูกค้นพบและนำขึ้นเรือเนบูคัดเนสซาร์ของมอร์เฟียส ในขณะที่นีโอพักฟื้นจากการไม่มีกิจกรรมทางกายภาพมาตลอดชีวิต Morpheus อธิบายความจริง ในช่วงต้นศตวรรษที่ 21 เกิดสงครามระหว่างมนุษย์กับเครื่องจักรอัจฉริยะ เมื่อมนุษย์ปิดกั้นการเข้าถึงพลังงานแสงอาทิตย์ของเครื่องจักรเครื่องจักรได้เก็บเกี่ยวพลังงานไฟฟ้าชีวภาพของมนุษย์ทำให้พวกมันสงบลงในเมทริกซ์ซึ่งเป็นความจริงจำลองที่ใช้ร่วมกันซึ่งจำลองตามโลกเมื่อสิ้นสุดศตวรรษที่ 20 เครื่องจักรได้ยึดครองโลก เมืองไซอันเป็นที่ลี้ภัยสุดท้ายของมนุษย์เสรี Morpheus และทีมงานของเขาคือกลุ่มกบฏที่แฮ็กเข้าไปใน Matrix เพื่อ “ถอดปลั๊ก” กดขี่มนุษย์และรับสมัครพวกมัน ความเข้าใจเกี่ยวกับธรรมชาติจำลองของเมทริกซ์ทำให้พวกเขาสามารถโค้งงอกฎทางกายภาพได้ Morpheus เตือนนีโอว่าความตายภายในเมทริกซ์จะฆ่าร่างกายและตัวแทนที่เขาพบคือโปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่มีความรู้สึกอันทรงพลังซึ่งกำจัดภัยคุกคามต่อระบบในขณะที่เครื่องจักรที่เรียกว่า Sentinels จะทำลายกลุ่มกบฏในโลกแห่งความเป็นจริง ความกล้าหาญของนีโอในระหว่างการฝึกการต่อสู้เสมือนทำให้เกิดความน่าเชื่อถือต่อความเชื่อของมอร์เฟียสที่ว่านีโอคือ “ผู้หนึ่ง” ซึ่งเป็นมนุษย์ที่ทรงพลังโดยเฉพาะซึ่งทำนายว่าจะปลดปล่อยมนุษยชาติและยุติสงคราม กลุ่มนี้เข้าสู่เมทริกซ์เพื่อเยี่ยมชม Oracle ซึ่งเป็นผู้เผยพระวจนะที่ทำนายการเกิดขึ้นของหนึ่ง เธอแนะนำนีโอว่าเขาไม่ใช่คนเดียวและเตือนว่าเขาจะต้องเลือกระหว่างชีวิตของมอร์เฟียสกับชีวิตของเขาเอง กลุ่มถูกซุ่มโจมตีโดยเจ้าหน้าที่และตำรวจยุทธวิธีโดย Cypher ลูกเรือที่ไม่พอใจซึ่งทรยศต่อ Morpheus เพื่อแลกกับชีวิตที่สะดวกสบายในเมทริกซ์ Morpheus ยอมให้จับตัวเองเพื่อให้ลูกเรือที่เหลือสามารถหลบหนีได้ ไซเฟอร์ออกจากเมทริกซ์ก่อนและสังหารลูกเรือหลายคนในขณะที่พวกเขาไม่มีที่พึ่งในโลกแห่งความจริง ก่อนที่เขาจะสามารถฆ่า Neo ได้ Cypher ถูกสังหารโดย Tank ซึ่งเป็นลูกเรือที่เขาได้รับบาดเจ็บเท่านั้น ในเมทริกซ์ตัวแทนจะซักถามมอร์เฟียสเพื่อเรียนรู้รหัสการเข้าถึงของเขาไปยังคอมพิวเตอร์เมนเฟรมในไซออน รถถังเสนอให้ฆ่า Morpheus เพื่อป้องกันเรื่องนี้ แต่นีโอพยายามที่จะกลับไปที่เมทริกซ์เพื่อช่วยเหลือมอร์เฟียสตามคำทำนายของออราเคิล ทรินิตี้ยืนยันว่าเธอไปกับเขา ในขณะที่ช่วย Morpheus นีโอได้รับความมั่นใจในความสามารถของเขาโดยแสดงฝีมือเทียบเท่ากับตัวแทน มอร์เฟียสและทรินิตี้ออกจากเมทริกซ์ แต่สมิ ธ ซุ่มโจมตีและสังหารนีโอก่อนที่เขาจะออกไป ขณะที่กลุ่มรักษาการณ์โจมตีเนบูคัดเนสซาร์ทรินิตี้กระซิบบอกนีโอว่าเขาไม่สามารถตายได้เพราะเธอรักเขาและออราเคิลบอกเธอว่าเธอจะตกหลุมรักผู้หนึ่ง เธอจูบนีโอและเขาก็ฟื้นขึ้นมาด้วยพลังใหม่ในการรับรู้และควบคุมเมทริกซ์ เขาเอาชนะสมิ ธ ได้อย่างง่ายดายและออกจากแมทริกซ์ทันเวลาเพื่อให้ชีพจรแม่เหล็กไฟฟ้าของเรือปิดการใช้งาน Sentinels ต่อมานีโอโทรศัพท์ภายในเดอะเมทริกซ์โดยสัญญากับเครื่องจักรว่าเขาจะแสดงให้นักโทษของพวกเขาเห็น “โลกที่ทุกอย่างเป็นไปได้” เขาวางสายและบินขึ้นไปบนท้องฟ้า